Понаехавшие африканцы имеют вполне приличный интеллект. Очевидно, произошел отрицательный отбор, но не совсем понятно, на каком этапе: либо когда отлавливали рабов ещё в Африке, либо во время размножения в неволе, либо позже. Есть какие-нибудь способы различать эти механизмы?

Думаю, что ещё на этапе отлова в Африке. Потому что африканские работорговцы продавали в рабство представителей диких племён, которых завоёвывали.

Но почему дикие племена должны быть существенно глупее?

Потому что, если бы они были умнее, их бы не завоевали.